2018年12月26日アーカイブ

バイオ通信No.1916「バイオインフォマティクス3」

みなさん、こんにちは。

 

バイオコース2年生のバイオインフォマティクスで、RasMolを使いました。

RasMolは、分子の立体構造を表示するグラフィックソフトです。

 

メニューからある程度操作をすることもできますが、コマンドを入力することでより細かな表示ができます。

クリッククリックに慣れている学生には、ちょっと大変な作業だったようです。

 

PDBのサイトから分子構造のデータをダウンロードします。

ダウンロードしたデータをRasMolで読み込みます。

 

読み込んだ分子構造は、細い線がいっぱいなこんな感じです。

 

背景を白色に変えて、分子構造に少し色をつけてみました。

 

今回は、タンパク質の分子構造なので、ヘリックス構造に色をつけてみました。

 

タンパク質の立体構造になってきました。

 

今回使用したタンパク質は、オキシミオグロビン(ヘムタンパク質で、鉄原子を含みます。)です。

 

ヘム鉄部分に色(赤色)をつけてみました。(写真が反射して、すみません。)

 

2年生のみなさん、はじめてのRasMolはいかがでしたか。

残りの授業でも出てきますので、コマンド入力に慣れていきましょう。

 

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