みなさん、こんにちは。
今回のバイオインフォマティクス４では、
前回ご紹介したRasMolを使って、
タンパク質の立体構造をグラフィカルに表示した完成版をご紹介します。
少し写真が多いですが、ご了承ください。
最初にRasMolで立体構造データを読み込んだときは、針金状で表示されます。
（例）
コマンド入力によってグラフィカルに変更した結果です。
２年生それぞれが、異なるタンパク質で挑戦しました。
以上です。
細かいところまではわかりにくと思いますが、いろいろと考えながら作成しました。
コマンド入力のため慣れるまでには少し時間が必要ですので、
十分ではありませんが、タンパク質の立体構造の特徴は表すことができたと思います。
２年生のみなさん、お疲れ様でした。
今日で年内の応用生物科学科・愛玩動物看護学科ブログは、終わりです。
みなさま、よいお年をお迎えください。
年明けは、１月１日（水祝）に新年のご挨拶をお届けし、
その後は１月６日（月）より定期的なブログアップを行います。
お楽しみに。
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みなさん、こんにちは。
２年生のバイオインフォマティクスの、２回目のご紹介です。
今回の授業では、
タンパク質の立体構造をグラフィックに表示する、
RasMolというソフトを使用しました。
このソフトは、クリッククリックではなく、
コマンド入力で立体構造をグラフィックに表示していきます。
コマンド入力は慣れない操作ですが、がんばって取り組みました。
最初に取り組んだ立体構造です。
少し慣れてくると、ちょっとした遊び心ですね。
ラベルを名前にしてみました。
最初にRasMolでデータを読み込むと、
タンパク質の立体構造が針金状で表示されます。
これは、ミオグロビンの立体構造が針金状で表示されたものです。
（背景は白色に変更、元は黒色です。）
RasMolを使用して、立体構造をグラフィカルに表示をしていきます。
ちょっとわかりずらいですが、
色をつけたり、リボン状にしたりしていきます。
２年生のみなさん、いかがでしたか。
コマンド入力は大変ですが、実験と同様に１つずつの積み重ねです。
今回はRasMolの練習を兼ねて作成をしてもらいましたが、
次回は課題提出で作成してもらいますので、
コマンドを１つずつ積み重ねてしっかり取り組んでいきましょう。
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みなさん、こんにちは。
以前、バイオコース２年生の授業（バイオインフォマティックス）で、RasMolをご紹介しました。
今回は、２年生がRasMolを使って、分子構造の特徴をわかりやすく可視化しましたので、２回に分けてご紹介をしたいと思います。
RasMolで読み込んだ構造を機能を利用して可視化した構造をご紹介します。
読み込んだ構造と可視化した構造は向きを合わせてありますので、見比べてみてください。
RasMolで読み込んだデータです。針金状構造で表示されます。
こんな感じに可視化してみました。αヘリックス構造やβシート構造が表示されています。
慣れないコマンド入力で頑張って作成しましたので、他の構造も見比べてみてください。
Ｎｏ．２
Ｎｏ．３
いかがですか？αヘリックス構造やβシート構造以外にも、金属原子などが結合しているので、金属原子の表示などもしてみました。
次のブログにつづく・・・・・。
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みなさん、こんにちは。
バイオコース２年生の４期の科目の中にバイオインフォマティクスがあります。
この科目は、コンピュータを使った授業になります。
バイオインフォマティクスには、いろいろな訳がありますが、バイオコースでは生物情報学と訳しています。
今回は、タンパク質の構造を表示するプログラムソフトのＲａｓＭｏｌを使ってみました。
今回は、ＲａｓＭｏｌに慣れてもらうため、使い方の練習をしましたので、その様子をご覧ください。
オープンソースなので、機能的には限界がありますが、チャレンジしてみました。
ＲａｓＭｏｌは、コマンド（命令）入力をして操作をします。
なかなか慣れない操作に、少し戸惑いがあるようでした。
どうしてもすぐにクリックをしたくなるようです。
２年生のみなさんには、授業で分子構造をＲａｓＭｏｌで表示してもらう予定ですので、できましたらご紹介したいと思います。
２年生のみなさん、上手く表示できるように頑張っていきましょう。
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