湘央医学技術専門学校・湘央生命科学技術専門学校

応用生物科学科&愛玩動物看護学科BLOG

Tag Archives: 分子構造

バイオ通信No.2360「バイオインフォマティクス4」

みなさん、こんにちは。

前回からの続きになりますが、

バイオコース2年生のバイオインフォマスクスの授業の様子をご覧いただきます。

 

コンピュータに向かっての授業なので、ほとんど変化がありませんね。

今回の授業では、NCBI(米国立生物工学情報センター)が、

解析ツールや データベースの実践的な使用方法を紹介している

教育サイトNCBI Mini-Coursesを体験しました。

 

いくつかのコースがありますが、今回は、疾患遺伝子と表現型の関係を行いました。

病気と遺伝子の関係を少し勉強しました。

NCBIだけではなく、もちろんRasMolも使用しましたので、その部分だけご紹介します。

 

今回の演習では、分子構造に含まれるアミノ酸が変異することで、

タンパク質の立体構造が作れず、

病気を引き起こす原因となることを確認しました。

 

何故か色違いで作成できたので、同じ構造ですが、ご覧ください。

アミノ酸(システイン)に色をつけています。

緑色(上)、青色(下)の写真です。

2年生のみなさん、いかがでしたか。

英語ばかりで、少しやりずらかったと思いますが、

バイオ関連のいろいろなサイトがあることを忘れずに。

 

今回の授業で、紹介できなかったサイトやプログラムもありますが、

また機会があれば勉強してください。

お疲れさまでした。

 

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バイオ通信No.2359「バイオインフォマティクス3」

みなさん、こんにちは。

今回は、バイオコース2年生のバイオインフォマティクスの授業の様子をご紹介します。

 

今回の授業では、分子構造をグラフィカルに表示するソフトRasMolの練習を行いました。

今回使用した分子は、バイオテクノロジーと言えばで、浮かんでくる1つに含まれると思います。

遺伝子(DNA)をグラフィカルに表示してみました。

DNAは、糖・塩基・リン酸を構成成分として含んでいます。

 

学生にとっても分子構造としてわかりやすいと思います。

今回使用したデータは、Protein Data Bank(PDB)のサイトでは、

こんな感じに表示されています。

オレンジ色と緑色で表示されているのがDNAの構造です。

 

このデータをRasMolで読み込むとこんな感じになります。

背景は黒色、分子構造は針金状で表示されます。右側のらせん状の構造がDNAです。

 

この構造をRasMolで学生にはこんな感じで表示してもらいました。

DNAだけの構造にしています。さらに塩基ごとに色を変えています。

今回は、RasMolを体験していただきました。

無償のソフトなので機能には制限がありますが、

分子構造をグラフィカルに表示することができました。

2年生のみなさん、次回は、もう少し頑張っていきますよ。

 

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