みなさん、こんにちは。

バイオコース２年生のバイオインフォマティクスの授業で、

RasMolを使用し、タンパク質の立体構造を

グラフィカルに表示をしてみましたのでご紹介します。

RasMolは、以前のブログでご紹介しましたが、

タンパク質の立体構造をグラフィカルに可視化するプログラムです。

コマンド入力が主になりますので、

慣れないこともありますが、力作をご覧ください。

タンパク質の立体構造データベースのProtein Data Bank(PDB)から

タンパク質のデータをダウンロードして、

RasMolでデータファイルを開いた画像例です。

細い針金状で表示がされます。

この画像はクモの巣みたいですね。

２つ立体構造があります。

こちらは同じデータですが、

Protein Data Bankに載っている画像です。

２つの立体構造のうちの１つが表示されています。

２年生には、それぞれデータをダウンロードして、

RasMolで立体構造をグラフィカルに表示をしてもらいました。

１つずつご紹介したかったのですが、

多くなってしまいますので、まとめてみました。

小さくなってしまいましたが、ご覧ください。

短い作業時間の中で、

わかる範囲でいろいろと工夫をしてくれました。

２年生のみなさん、お疲れさまでした。

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みなさん、こんにちは。

今回のバイオコース２年生のバイオインフォマティクスの授業では、分子系統樹の作成を行いました。

分子系統樹を作成し、生物間や遺伝子の進化を推定するのが分子進化学です。

進化の推定までは、なかなか簡単にはできませんが、分子系統樹はＷＥＢ上で作成できるので、

課題配列から分子系統樹を作成しました。

今回は、分子系統樹の作成だけではなく、課題配列がどんな機能を持っているかも推測をしました。

検索、検索の連続です。

２年生の最大の目標である資格試験が近いので、そばには、いつも問題集！！！！！

授業も資格取得も頑張ってます。

分子系統樹が作成できましたので、ご紹介です。ゲノムネットのサイトより作成しました。

２年生のみなさん、英語のサイトばかりで大変ですが、頑張っていきましょう。

授業が進んでいく中で、今年の２年生のコンピュータを使う上での短所がわかりました。

すごい速さですぐ上下スクロールをします。結果、どこを見てるのかわからなくなるみたいです。

みなさんは、いかがですか。２年生のみなさん、スクロールは程々にしましょう。

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みなさん、こんにちは。

バイオコース２年生では、

バイオインフォマティクスの授業が始まりました。

バイオインフォマティクスは、

生命科学と情報科学が融合した分野になります。

生命科学の現象を情報科学の技術で解析などを行うのですが、

この授業では、主に生命科学に関連するサイトにあるデータベースを用いて、

サイトの使用方法や関連性などみていきます。

今回は、塩基配列やアミノ酸配列を用いて、検索する方法を学びました。

毎年、コンピュータの操作があまり得意でない学生もいるのですが、

今年の２年生は、スムーズに始めることができました。

みなさん、この調子で頑張っていきましょう。

英語のサイトばかりですが、しっかりと確認をしていきましょう。

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みなさん、こんにちは。

バイオコース２年生のバイオインフォマティクスの第２弾です。

それでは続いて、グラフィカルに表示した分子構造をご覧ください。

今回使用したＲａｓＭｏｌは、コマンド入力をして表示させていきます。

例えば、黒色の背景を白色に変更するには、

background whiteと入力すると今回のように白色に変わります。

アミノ酸や金属元素などを指定して、label %nと入力するとアミノ酸名や金属元素名が表示されます。

わかりやすい英単語を使って一つずつ、命令文を作成し、作業を行っていきます。

２年生も最初は作業に戸惑いがあったようですが、作成しているうちに、随分慣れたようです。

タンパク質の構造についても理解が深まっているといいのですが・・・・・。

２年生のみんさん、頑張っていきましょう。

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みなさん、こんにちは。

バイオコース２年生のバイオインフォマティクスでＲａｓＭｏｌを使って

分子構造の特徴をグラフィカルに表示しましたのでご紹介します。

ＲａｓＭｏｌは、無料の立体構造を可視化するプログラムです。

タンパク質の立体構造のデータをＲａｓＭｏｌで読み込むと次のような画像が出てきます。

これは、分子構造を針金状で表示したものです。

この針金状に表示された分子構造をグラフィカルに表示していきます。

２年生は各自、別々のタンパク質の立体構造をグラフィカルに表示しましたのでご覧ください。

αヘリックスや含まれる金属元素などリボン状だったり、球状に表示をしました。

第２弾に続きます。

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みなさん、こんにちは。

バイオコース２年生のバイオインフォマティクスの様子をご覧ください。

今回は、冬休みがあったので、忘れてしまった内容の復習を兼ねて授業を行いました。

植物のrbcL遺伝子のアミノ酸配列をNCBIを使って検索して取得し分子系統樹を作成しました。

画面上なので、わかりづらいと思いますが、ご了承ください。

左右の分子系統樹は同じ系統樹です。

分子系統樹を作成し、ワードに貼り付けて課題提出を行いました。

分子系統樹を作成してみて、少し今まで行った内容を思いだしたみたいですが、結構忘れているようです。

学生の反応も普段の授業や実習とは、少し違う様な気もします。

２年生のみなさん、この授業はまだまだありますので、しっかり頑張っていきましょう。

コンピュータを使った授業は、まずは「習うよりも慣れよ」ですよ。

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みなさん、こんにちは。

今回は、バイオコース２年生のバイオインフォマティクスの授業の様子のご紹介です。

普段は、ピペットを使ったり、培養したりの２年生ですが、コンピュータを使った授業になります。

スマホは使い慣れているけれど、コンピュータはあまり使い慣れていない学生もいますが、頑張って取り組んでいますので、その様子をご覧ください。

この授業は、バイオ関連のサイトの利用方法を中心とした授業ですが、見慣れないことと英語が多いので少し戸惑いもあるようです。

今回は、分子系統樹を作成してみました。ちょっとわかりづらいですが、授業の様子をご覧ください。

こっそりYou Tubeなどを見ていたりと思ったのですが、しっかり取り組んでいます。

今回は、ミトコンドリアの配列を使って分子系統樹を作成しました。

２年生のみなさん、まだまだいろいろなサイトを紹介しますので、しっかり取り組んでいきましょう。

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