湘央医学技術専門学校・湘央生命科学技術専門学校

応用生物科学科&愛玩動物看護学科BLOG

Tag Archives: バイオインフォマティクス

バイオ通信No.2991「バイオインフォマティクス5」

みなさん、こんにちは。

 

2年生で実施している、バイオインフォマティクスの授業の最終回となる今回は、

復習を兼ねて、いままで使用したプログラムやサイトを利用し、ある遺伝子Hについて調べる課題を行いました。

 

まずは、調べる遺伝子Hについて、予備知識をつけるためにgoogle検索をしました。

 

何やらいろいろと調べているようです。

 

課題のある遺伝子Hについて大まかに調べたところで、NCBIから調査スタートです。

サイトを確認しながら、ある遺伝子Hがどんな遺伝子か調べながら、途中で系統樹の作成も行いました。

 

画面には動物の写真がでていますが、生物種が学名で出てきますので、調べ中ですね。

 

今回は、自由に生物種を選んで分子系統樹を作成しましたので、こんな感じの系統樹ができました。

 

さらに、ある遺伝子Hから得られる転写産物の立体構造をRasMolを使って、グラフィカルに表示しました。

色で表示する部分は自由に色を考えてもらいました。

 

2年生のみなさん、コンピュータを使っての授業はいかがでしたか。

 

慣れないコンピュータの作業と英語のサイトばかりで少し大変だっと思いますが、

データベースという形でいろいろな生物情報が蓄えられていることも覚えておいてくださいね。

 

お疲れさまでした。

 

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バイオ通信No.2977「バイオインフォマティクス4」

みなさん、こんにちは。

 

今回のバイオインフォマティクス4では、

前回ご紹介したRasMolを使って、

タンパク質の立体構造をグラフィカルに表示した完成版をご紹介します。

 

少し写真が多いですが、ご了承ください。

 

最初にRasMolで立体構造データを読み込んだときは、針金状で表示されます。

 

(例)

コマンド入力によってグラフィカルに変更した結果です。

 

2年生それぞれが、異なるタンパク質で挑戦しました。

 

以上です。

 

細かいところまではわかりにくと思いますが、いろいろと考えながら作成しました。

 

コマンド入力のため慣れるまでには少し時間が必要ですので、

十分ではありませんが、タンパク質の立体構造の特徴は表すことができたと思います。

 

2年生のみなさん、お疲れ様でした。

 

今日で年内の応用生物科学科・愛玩動物看護学科ブログは、終わりです。

みなさま、よいお年をお迎えください。

 

年明けは、1月1日(水祝)に新年のご挨拶をお届けし、

その後は1月6日(月)より定期的なブログアップを行います。

 

お楽しみに。

 

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バイオ通信No.2975「バイオインフォマティクス2」

みなさん、こんにちは。

 

2年生のバイオインフォマティクスの、2回目のご紹介です。

 

今回の授業では、

タンパク質の立体構造をグラフィックに表示する、

RasMolというソフトを使用しました。

 

このソフトは、クリッククリックではなく、

コマンド入力で立体構造をグラフィックに表示していきます。

 

コマンド入力は慣れない操作ですが、がんばって取り組みました。

 

最初に取り組んだ立体構造です。

 

少し慣れてくると、ちょっとした遊び心ですね。

ラベルを名前にしてみました。

 

最初にRasMolでデータを読み込むと、

タンパク質の立体構造が針金状で表示されます。

 

これは、ミオグロビンの立体構造が針金状で表示されたものです。

(背景は白色に変更、元は黒色です。)

 

RasMolを使用して、立体構造をグラフィカルに表示をしていきます。

 

ちょっとわかりずらいですが、

色をつけたり、リボン状にしたりしていきます。

 

2年生のみなさん、いかがでしたか。

 

コマンド入力は大変ですが、実験と同様に1つずつの積み重ねです。

 

今回はRasMolの練習を兼ねて作成をしてもらいましたが、

次回は課題提出で作成してもらいますので、

コマンドを1つずつ積み重ねてしっかり取り組んでいきましょう。

 

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バイオ通信No.2832「バイオインフォマティクス3」

みなさん、こんにちは。

 

バイオコース2年生のバイオインフォマティクスの授業で、

RasMolを使用し、タンパク質の立体構造を

グラフィカルに表示をしてみましたのでご紹介します。

 

RasMolは、以前のブログでご紹介しましたが、

タンパク質の立体構造をグラフィカルに可視化するプログラムです。

 

コマンド入力が主になりますので、

慣れないこともありますが、力作をご覧ください。

 

タンパク質の立体構造データベースのProtein Data Bank(PDB)から

タンパク質のデータをダウンロードして、

RasMolでデータファイルを開いた画像例です。

 

細い針金状で表示がされます。

この画像はクモの巣みたいですね。

2つ立体構造があります。

 

こちらは同じデータですが、

Protein Data Bankに載っている画像です。

2つの立体構造のうちの1つが表示されています。

 

2年生には、それぞれデータをダウンロードして、

RasMolで立体構造をグラフィカルに表示をしてもらいました。

 

1つずつご紹介したかったのですが、

多くなってしまいますので、まとめてみました。

 

小さくなってしまいましたが、ご覧ください。

 

短い作業時間の中で、

わかる範囲でいろいろと工夫をしてくれました。

 

2年生のみなさん、お疲れさまでした。

 

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バイオ通信No.2809「バイオインフォマティクス2」

みなさん、こんにちは。

今回のバイオコース2年生のバイオインフォマティクスの授業では、分子系統樹の作成を行いました。

 

分子系統樹を作成し、生物間や遺伝子の進化を推定するのが分子進化学です。

進化の推定までは、なかなか簡単にはできませんが、分子系統樹はWEB上で作成できるので、

課題配列から分子系統樹を作成しました。

 

今回は、分子系統樹の作成だけではなく、課題配列がどんな機能を持っているかも推測をしました。

検索、検索の連続です。

 

2年生の最大の目標である資格試験が近いので、そばには、いつも問題集!!!!!

授業も資格取得も頑張ってます。

 

分子系統樹が作成できましたので、ご紹介です。ゲノムネットのサイトより作成しました。

2年生のみなさん、英語のサイトばかりで大変ですが、頑張っていきましょう。

授業が進んでいく中で、今年の2年生のコンピュータを使う上での短所がわかりました。

すごい速さですぐ上下スクロールをします。結果、どこを見てるのかわからなくなるみたいです。

みなさんは、いかがですか。2年生のみなさん、スクロールは程々にしましょう。

 

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バイオ通信No.2808「バイオインフォマティクス1」

みなさん、こんにちは。

 

バイオコース2年生では、

バイオインフォマティクスの授業が始まりました。

 

バイオインフォマティクスは、

生命科学と情報科学が融合した分野になります。

 

生命科学の現象を情報科学の技術で解析などを行うのですが、

この授業では、主に生命科学に関連するサイトにあるデータベースを用いて、

サイトの使用方法や関連性などみていきます。

 

今回は、塩基配列やアミノ酸配列を用いて、検索する方法を学びました。

 

毎年、コンピュータの操作があまり得意でない学生もいるのですが、

今年の2年生は、スムーズに始めることができました。

 

みなさん、この調子で頑張っていきましょう。

英語のサイトばかりですが、しっかりと確認をしていきましょう。

 

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バイオ通信No.2695「バイオインフォマティクス2(RasMol2)」

みなさん、こんにちは。

バイオコース2年生のバイオインフォマティクスの第2弾です。

それでは続いて、グラフィカルに表示した分子構造をご覧ください。

今回使用したRasMolは、コマンド入力をして表示させていきます。

例えば、黒色の背景を白色に変更するには、

background whiteと入力すると今回のように白色に変わります。

アミノ酸や金属元素などを指定して、label %nと入力するとアミノ酸名や金属元素名が表示されます。

わかりやすい英単語を使って一つずつ、命令文を作成し、作業を行っていきます。

 

2年生も最初は作業に戸惑いがあったようですが、作成しているうちに、随分慣れたようです。

タンパク質の構造についても理解が深まっているといいのですが・・・・・。

2年生のみんさん、頑張っていきましょう。

 

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バイオ通信No.2694「バイオインフォマティクス2(RasMol1)」

みなさん、こんにちは。

バイオコース2年生のバイオインフォマティクスでRasMolを使って

分子構造の特徴をグラフィカルに表示しましたのでご紹介します。

RasMolは、無料の立体構造を可視化するプログラムです。

 

タンパク質の立体構造のデータをRasMolで読み込むと次のような画像が出てきます。

これは、分子構造を針金状で表示したものです。

この針金状に表示された分子構造をグラフィカルに表示していきます。

 

2年生は各自、別々のタンパク質の立体構造をグラフィカルに表示しましたのでご覧ください。

αヘリックスや含まれる金属元素などリボン状だったり、球状に表示をしました。

第2弾に続きます。

 

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バイオ通信No.2360「バイオインフォマティクス4」

みなさん、こんにちは。

前回からの続きになりますが、

バイオコース2年生のバイオインフォマスクスの授業の様子をご覧いただきます。

 

コンピュータに向かっての授業なので、ほとんど変化がありませんね。

今回の授業では、NCBI(米国立生物工学情報センター)が、

解析ツールや データベースの実践的な使用方法を紹介している

教育サイトNCBI Mini-Coursesを体験しました。

 

いくつかのコースがありますが、今回は、疾患遺伝子と表現型の関係を行いました。

病気と遺伝子の関係を少し勉強しました。

NCBIだけではなく、もちろんRasMolも使用しましたので、その部分だけご紹介します。

 

今回の演習では、分子構造に含まれるアミノ酸が変異することで、

タンパク質の立体構造が作れず、

病気を引き起こす原因となることを確認しました。

 

何故か色違いで作成できたので、同じ構造ですが、ご覧ください。

アミノ酸(システイン)に色をつけています。

緑色(上)、青色(下)の写真です。

2年生のみなさん、いかがでしたか。

英語ばかりで、少しやりずらかったと思いますが、

バイオ関連のいろいろなサイトがあることを忘れずに。

 

今回の授業で、紹介できなかったサイトやプログラムもありますが、

また機会があれば勉強してください。

お疲れさまでした。

 

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バイオ通信No.2359「バイオインフォマティクス3」

みなさん、こんにちは。

今回は、バイオコース2年生のバイオインフォマティクスの授業の様子をご紹介します。

 

今回の授業では、分子構造をグラフィカルに表示するソフトRasMolの練習を行いました。

今回使用した分子は、バイオテクノロジーと言えばで、浮かんでくる1つに含まれると思います。

遺伝子(DNA)をグラフィカルに表示してみました。

DNAは、糖・塩基・リン酸を構成成分として含んでいます。

 

学生にとっても分子構造としてわかりやすいと思います。

今回使用したデータは、Protein Data Bank(PDB)のサイトでは、

こんな感じに表示されています。

オレンジ色と緑色で表示されているのがDNAの構造です。

 

このデータをRasMolで読み込むとこんな感じになります。

背景は黒色、分子構造は針金状で表示されます。右側のらせん状の構造がDNAです。

 

この構造をRasMolで学生にはこんな感じで表示してもらいました。

DNAだけの構造にしています。さらに塩基ごとに色を変えています。

今回は、RasMolを体験していただきました。

無償のソフトなので機能には制限がありますが、

分子構造をグラフィカルに表示することができました。

2年生のみなさん、次回は、もう少し頑張っていきますよ。

 

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