みなさん、こんにちは。
今回の１年生の化学実習は、２回ある酵素の実習の１回目です。
２回とも酵素の活性の測定を行いますが、
１回目は初速度測定法で酵素活性を測定しました。
酵素は、触媒作用をもつタンパク質です。
その酵素のもつ触媒作用を初速度測定法で定量的に測定しました。
測定の準備ができると、あとは機器で測定となりますので、あまり実習をしてる感じはありません。
できたグラフから前回の経験を活かして、酵素活性を求めました。
２種類の希釈倍率の異なる酵素で行いましたが、わかりやすいグラフから酵素活性を求めました。
１年生のみなさん、
２回目の酵素活性の測定の伏線的なこともありましたが、わかりましたか。
２回目の酵素の実習では、みなさんで実習を行います。
しっかり頑張っていきましょう。
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みなさん、こんにちは。
今回のバイオインフォマティクス４では、
前回ご紹介したRasMolを使って、
タンパク質の立体構造をグラフィカルに表示した完成版をご紹介します。
少し写真が多いですが、ご了承ください。
最初にRasMolで立体構造データを読み込んだときは、針金状で表示されます。
（例）
コマンド入力によってグラフィカルに変更した結果です。
２年生それぞれが、異なるタンパク質で挑戦しました。
以上です。
細かいところまではわかりにくと思いますが、いろいろと考えながら作成しました。
コマンド入力のため慣れるまでには少し時間が必要ですので、
十分ではありませんが、タンパク質の立体構造の特徴は表すことができたと思います。
２年生のみなさん、お疲れ様でした。
今日で年内の応用生物科学科・愛玩動物看護学科ブログは、終わりです。
みなさま、よいお年をお迎えください。
年明けは、１月１日（水祝）に新年のご挨拶をお届けし、
その後は１月６日（月）より定期的なブログアップを行います。
お楽しみに。
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みなさん、こんにちは。
２年生のバイオインフォマティクスの、２回目のご紹介です。
今回の授業では、
タンパク質の立体構造をグラフィックに表示する、
RasMolというソフトを使用しました。
このソフトは、クリッククリックではなく、
コマンド入力で立体構造をグラフィックに表示していきます。
コマンド入力は慣れない操作ですが、がんばって取り組みました。
最初に取り組んだ立体構造です。
少し慣れてくると、ちょっとした遊び心ですね。
ラベルを名前にしてみました。
最初にRasMolでデータを読み込むと、
タンパク質の立体構造が針金状で表示されます。
これは、ミオグロビンの立体構造が針金状で表示されたものです。
（背景は白色に変更、元は黒色です。）
RasMolを使用して、立体構造をグラフィカルに表示をしていきます。
ちょっとわかりずらいですが、
色をつけたり、リボン状にしたりしていきます。
２年生のみなさん、いかがでしたか。
コマンド入力は大変ですが、実験と同様に１つずつの積み重ねです。
今回はRasMolの練習を兼ねて作成をしてもらいましたが、
次回は課題提出で作成してもらいますので、
コマンドを１つずつ積み重ねてしっかり取り組んでいきましょう。
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みなさん、こんにちは。
今回の２年生の生化学実習では、
タンパク質の定量を行いました。
使用したタンパク質は、
前回分離し透析した卵白アルブミン水溶液です。
久しぶりに使用試薬の調製から行いました。
同時にサンプルの調製も行いました。
最初に、吸収スペクトルの作成を行いました。
タンパク質の極大吸収波長の２８０ｎｍは確認できたかな。
卵白アルブミン水溶液の吸収スペクトルです。
２８０ｎｍ付近に極大吸収がでていますね。
２年生は、手書きの吸収スペクトルを作成中。
さらに、紫外吸収法により
卵白アルブミンの定量（計算法）を行いました。
次に比色分析による定量を行いました。
今回は、タンパク質なので、
ビウレット法によりタンパク質の定量（検量線法）を行いました。
タンパク質標準液のビウレット反応です。
濃度により色の濃さが変わります。
サンプルのビウレット反応です。
サンプルも濃度を変えて測定をします。
測定終了後、
お互いの測定データについて意見交換かな。
今年の２年生は、班だけではなく、
みんなで取り組むことが多いです。
共通認識がもてるので、いい傾向だと思います。
十分な結果が得られ、
卵白アルブミンの定量ができました。
２年生のみなさん、
この調子で頑張っていきましょう。
タンパク質の実習は、あと２回続きます。
しっかり取り組んでいきましょう。
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みなさん、こんにちは。
今回の２年生の生化学実習では、
卵白アルブミンの分離を行いました。
この実習の最初にDNAの分離を行いましたが、
今回はタンパク質の分離です。
それでは、実習の様子をご覧ください。
まずは、卵を卵白と卵黄に分けます。
慎重に慎重に・・・。
次に㏗指示薬を滴加します。
卵白の色が変わります。
次に酢酸を滴加します。
酢酸は酸なので、タンパク質の変性が起こります。
遠心をします。
上清に硫安を加えます。
（塩析です。）
初めての塩析、ちょっと驚きもあったようです。
遠心をします。
再度、硫安により塩析を行います。
沈殿（アルブミン）が生じてきます。
これを遠心し、
沈殿を蒸留水で溶かし、
透析を行います。
初めての透析です。
慣れない操作なので、協力して行います。
透析（脱塩）中です。
次回の実習では、
この卵白アルブミンを使用して、
タンパク質の定量を行います。
２年生のみなさん、
卵白アルブミンの分離はいかかがでしたか。
タンパク質の性質を利用した分離方法なので、
タンパク質の性質の再確認ができたと思います。
次回も頑張っていきましょう。
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みなさん、こんにちは。
バイオコース２年生のバイオインフォマティクスの授業で、
RasMolを使用し、タンパク質の立体構造を
グラフィカルに表示をしてみましたのでご紹介します。
RasMolは、以前のブログでご紹介しましたが、
タンパク質の立体構造をグラフィカルに可視化するプログラムです。
コマンド入力が主になりますので、
慣れないこともありますが、力作をご覧ください。
タンパク質の立体構造データベースのProtein Data Bank(PDB)から
タンパク質のデータをダウンロードして、
RasMolでデータファイルを開いた画像例です。
細い針金状で表示がされます。
この画像はクモの巣みたいですね。
２つ立体構造があります。
こちらは同じデータですが、
Protein Data Bankに載っている画像です。
２つの立体構造のうちの１つが表示されています。
２年生には、それぞれデータをダウンロードして、
RasMolで立体構造をグラフィカルに表示をしてもらいました。
１つずつご紹介したかったのですが、
多くなってしまいますので、まとめてみました。
小さくなってしまいましたが、ご覧ください。
短い作業時間の中で、
わかる範囲でいろいろと工夫をしてくれました。
２年生のみなさん、お疲れさまでした。
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みなさん、こんにちは。
バイオコース２年生のバイオインフォマティクスでＲａｓＭｏｌを使って
分子構造の特徴をグラフィカルに表示しましたのでご紹介します。
ＲａｓＭｏｌは、無料の立体構造を可視化するプログラムです。
タンパク質の立体構造のデータをＲａｓＭｏｌで読み込むと次のような画像が出てきます。
これは、分子構造を針金状で表示したものです。
この針金状に表示された分子構造をグラフィカルに表示していきます。
２年生は各自、別々のタンパク質の立体構造をグラフィカルに表示しましたのでご覧ください。
αヘリックスや含まれる金属元素などリボン状だったり、球状に表示をしました。
第２弾に続きます。
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みなさん、こんにちは。
今回のバイオコース２年生の生化学実習は、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ法を行いました。
ＳＤＳ－ＰＡＧＥ法は、ＳＤＳ－ポリアクリルアミドゲル電気泳動法のことです。
タンパク質の電気泳動法になります。
今回は、唾液アミラーゼの分子量を求めました。
それでは、電気泳動の様子をご覧ください。
分子量を求めるために、分子量マーカー（分子量のわかってタンパク質）を用いるのですが、今回の分子量マーカーは色つきにしてみましたので、電気泳動の様子をご覧ください。
今回使用した電気泳動装置です。
サンプルと分子量マーカーを塗布して、通電を行いました。
真ん中に色つきのバンドが見えていると思います。こちらが分子量マーカーです。
サンプルには、色がありませんので、見えません。
さらに時間が経つと、分子量マーカーが分離してきました。
分子量の大きさによって、分離が行われます。
さらに時間が経つと、さらに分離が大きくなります。
電気泳動終了後、染色をおこないました。
目的のタンパク質（アミラーゼ）は、分離されているのでしょうか。
脱色していないので、わかりずらいですが、分離はされているようです。
今回は、分子量マーカーを班ごとに変えてみましたので、こちらもご紹介します。
２色の分子量マーカーです。赤色と青色です。
こちらは１色の分子量マーカーです。（青色のみです。）
今回は脱色をしていないので、少しわかりづらいですが、全班、アミラーゼの確認ができ、分子量を求めることができました。
バイオコース２年生のみなさん、大切な電気泳動法なので、しっかりと原理を理解しておいてくださいね。
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2年生のタンパク工学実習でタンパク質の結晶化を行いました。
今回用いたタンパク質は、卵白リゾチームです。
結晶化法は、蒸気拡散法という沈殿剤の濃度を徐々に変化させて過飽和状態を達成する方法の一つです。
その中で最も一般的な手法、ハンギングドロップ法を行います。
24穴プレートへ3段階のｐHの違うリザーバー溶液を入れていきます。
テキストを確認しながら入れていきます。
各自、作業していきます。
よそ見しないでね。
各穴の縁にカバーガラスとの機密性を高めるために薄くグリースを塗ります。
カバーグラスにリゾチーム溶液と沈殿剤溶液を混ぜてのせます。
カバーグラスを反転させて、ウエルの上にのせ、密封します。
できたプレートを20℃インキュベーターに静置して結晶を析出させます。
出来た結晶がこちら。。。Mくんの結晶。
Iくんの結晶。
同じ操作をしても出来る結晶はそれぞれですね。
きれいですね♪
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