1年生の微生物学実習で初代培養を行いました。
トリプシン液へ細かく切った腎臓細胞を入れ、一晩反応させました。
次の日のトリプシン液は。。。
細胞片はバラバラになり、溶液が濁っています。
細胞浮遊液を遠心して、細胞を集めます。
培地へ再浮遊させてから、ロートでろ過して組織片などを取り除きます。
細胞浮遊液の細胞数をカウントして30万個/mLになるように調整します。
24ウエルマイクロプレートへ細胞浮遊液を入れ、５％炭酸ふ卵器で培養を開始します。
翌日、その後2日おきに、培地交換を行います。
培地をアスピレーターで吸って取り除きます。
新しい培地を加えていきます。
1週間後、
細胞がプレート全体に広がっている様子が観察できました。
次回は、マウスアデノウイルスを感染させます。
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1年生の微生物学実習で初代培養を行いました。
マウスから腎臓を取り出して、PBSの入ったシャーレへ入れます。
腎臓の皮膜をピンセットで剥離します。
剥離後は滅菌したハサミで細かく刻みます。
分担して、手早く行います。
なるべく、同じ大きさに刻みます。
細かくなったら、PBSで洗浄します。
PBSがにごらなくなったら、細胞だけを0.2％トリプシン液の中へ。
一晩、攪拌して反応させ、細胞をバラバラにします。
明日、溶液はどのように変化しているでしょうか。。。
お楽しみに♪
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みなさん、こんにちは。
今回の１年生の化学実習は、普段の実習とはちょっと違う内容で行いました。
実習ではなく、データのまとめ方（主にグラフの考え方など）を中心に行いました。
測定データをグラフにすることによって、どんなことがわかるのかなどを考えてみました。
したがってまずは、グラフの作成です。
今回は、２種類のグラフを作成します。
プロット数も多く、ちょっと大変なグラフですが、
早々と書き上げたちょっと余裕の学生もいました。
全員がグラフが完成したところで、それぞれグラフから考察をしてもらいました。
実習では、実習講義で定義や原理を学ぶため、
どうしても結果が先に来てしまい、考え方の幅が狭くなってしまいます。
幅広く考えてもらうために、定義や原理を考えずにいろいろな意見を出してもらいました。
いろいろな意見が出たところで、次に定義や原理を含めて考えてもらいました。
今までのグラフは、検量線が多かったので、いい機会になったと思います。
１年生のみなさん、いかがでしたか。
実習で得られた結果が、どのような意味があるのかしっかり考えながら頑張っていきましょう。
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1年生の遺伝子操作学実習で、ボイル法で調製したプラスミドを精製しました。
フェノール抽出により、プラスミド溶液に含まれている、タンパク質を除去(除タンパク)します。
等量の平衡化中性フェノールをプラスミド溶液へ加えて、攪拌します。
フェノールを加えて混ぜると、乳化しました。
遠心後、3層に分かれます。
上層にプラスミド、中間層に変性したタンパク質、下層にフェノールです。
平衡化中性フェノールには酸化防止剤である、8-ヒドロキシキノリンが入っています。
黄色なので上清と区別しやすくなっています。
しっかりと確認してから。。。
上層の溶液を新しいマイクロチューブへ移します。
中間層、下層を取らないように気を付けて。
移した溶液と等量のフェノール：クロロホルム(1：1)を加え、混和、遠心。
上清を取り、等量のクロロホルムを加えて、混和、遠心。
上清をアルコール沈殿すると、精製したプラスミドが得られます。
左から右へ泳動したサンプル量が多くなっています。
タンパク質が取り除かれキレイになりました。
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1年生の遺伝子操作学実習でプラスミドの調製を行いました。
3回目はプラスミド調製キットを使用して抽出しました。
キットの溶液は、
BufferA1、BufferA2、BufferA3と順番に使用していきます。
原理はアルカリSDS法とだいたい同じなので、前回の操作を思い出しながら行いましょう。
BufferA2には青い色がついています。
この溶液で溶菌します。操作は穏やかに。
BufferA3で中和します。
青い色が消えるまで転倒混和します。
消えたら中和完了です。
遠心します。
上清を取り、Collection Tubeへセットしたカラムへ入れます。
遠心すると、カラムに付いているメンブレンにDNAが吸着します。
エタノールの入っているBufferAQでメンブレンを洗浄・乾燥します。
カラムをマイクロチューブへ移し、溶出液を加えます。
遠心するとメンブレンに吸着していたDNAが溶出されて出来上がりです。
キットを使用すると、あっという間に(カタログによると14分間)プラスミドを調製することができます。
便利ですね(^^♪
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1年生の遺伝子操作学実習でプラスミドの調製を行いました。
今回はアルカリSDS法で抽出します。
プラスミド保有菌をマイクロチューブへ取り、遠心して菌体を集めます。
アルカリSDS法は、
SolutionI、SolutionⅡ、SolutionⅢと順番に入れていきます。
SolutionⅡは溶菌。
SDSにより菌体の細胞膜構造を破壊し、NaOHにより染色体DMAを変性させます。
SolutionⅢは中和。
酢酸カリウムで溶液のpHを中性に戻します。
攪拌すると乳白色のおからのような沈殿が見られます。
遠心します。
沈殿と浮遊している、おからを吸わないように注意しながら、
上清を新しいマイクロチューブへ取ります。
アルコール沈殿を行いプラスミドをペレットにします。
真空デシケーターで乾燥させます。
TEにペレットを溶解したら、プラスミド溶液の出来上がりです。
アルカリSDS法では主に、閉環状DNAが調製できます。
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1年生の遺伝子操作学実習でプラスミドの調製を行いました。
今回はボイル法です。
全培養したプラスミド保有菌をマイクロチューブへ取ります。
遠心して菌体を集めます。
STET、リゾチームを入れて菌体を再浮遊します。
リゾチームは菌体の細胞壁を破壊します。
沸騰水浴中で煮沸(ボイル)します。
遠心すると、菌体の染色体DNAと変性タンパク質が沈殿します。
プラスミドは溶液中の存在します。
沈殿は必要ないので取り除きます。
アルコール沈殿を行うと、核酸は水に溶解していられなくなり、
凝集して沈殿となります。
遠心してプラスミドを回収します。
TEに溶解して、プラスミド溶液の出来上がりです。
ちゃんと調製できたかをアガロースゲル電気泳動で確認します。
矢印の位置で光っているのがプラスミド(DNA)です。
左のレーンはRNAを除去したプラスミド溶液。
右のレーンはRNAを除去していない溶液です。
プラス側に長く伸びて見えるのがRNAです。
バンドが確認できたのでプラスミドが調製出来たようです。
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みなさん、こんにちは。
今日から定期的なブログアップを再開します。
2年生の化粧品学実習ではいろいろなものを作製しています。
本日ご紹介するのは、石鹸づくり。
油脂に塩基を加えて、けん化すると生成されるのが石鹸です。
型に入れて固めます。
アロマキャンドルも作りました。
今年は容器を各自で用意してもらったので。。。
プリンやら、
ワインやら、
個性豊かでした。
ゆったりとした時間が過ごせそうですね(^^♪
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みなさん、こんにちは。
今回のバイオインフォマティクス４では、
前回ご紹介したRasMolを使って、
タンパク質の立体構造をグラフィカルに表示した完成版をご紹介します。
少し写真が多いですが、ご了承ください。
最初にRasMolで立体構造データを読み込んだときは、針金状で表示されます。
（例）
コマンド入力によってグラフィカルに変更した結果です。
２年生それぞれが、異なるタンパク質で挑戦しました。
以上です。
細かいところまではわかりにくと思いますが、いろいろと考えながら作成しました。
コマンド入力のため慣れるまでには少し時間が必要ですので、
十分ではありませんが、タンパク質の立体構造の特徴は表すことができたと思います。
２年生のみなさん、お疲れ様でした。
今日で年内の応用生物科学科・愛玩動物看護学科ブログは、終わりです。
みなさま、よいお年をお迎えください。
年明けは、１月１日（水祝）に新年のご挨拶をお届けし、
その後は１月６日（月）より定期的なブログアップを行います。
お楽しみに。
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みなさん、こんにちは。
２年生のバイオインフォマティクスの、２回目のご紹介です。
今回の授業では、
タンパク質の立体構造をグラフィックに表示する、
RasMolというソフトを使用しました。
このソフトは、クリッククリックではなく、
コマンド入力で立体構造をグラフィックに表示していきます。
コマンド入力は慣れない操作ですが、がんばって取り組みました。
最初に取り組んだ立体構造です。
少し慣れてくると、ちょっとした遊び心ですね。
ラベルを名前にしてみました。
最初にRasMolでデータを読み込むと、
タンパク質の立体構造が針金状で表示されます。
これは、ミオグロビンの立体構造が針金状で表示されたものです。
（背景は白色に変更、元は黒色です。）
RasMolを使用して、立体構造をグラフィカルに表示をしていきます。
ちょっとわかりずらいですが、
色をつけたり、リボン状にしたりしていきます。
２年生のみなさん、いかがでしたか。
コマンド入力は大変ですが、実験と同様に１つずつの積み重ねです。
今回はRasMolの練習を兼ねて作成をしてもらいましたが、
次回は課題提出で作成してもらいますので、
コマンドを１つずつ積み重ねてしっかり取り組んでいきましょう。
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